فرایند میانجی گری معمولا ًاز طریق ارجاع پرونده از طرف قاضی، مأمور تعلیق مراقبتی، وکلای بزه دیدگان، دادستان و مأموران اجرای قانون در مشورهای مختلف آغاز می شود. در برخی برنامه ها، در راستای اجرای برنامه قضازدایی، پرونده از طرف مقام تعقیب به برنامه میانجی گری احاله می شود. در برخی دیگر از برنامه ها، احاله تنها زمانی صورت می گیرد که در ابتدا بزهکاری و مسئولیت متهم در دادگاه احراز شده باشد. در این صورت میانجی گری شرط تعلیق مجازات یا هر تصمیم قضایی مساعد به حال متهم، به شرط پذیرش بزه دیده جهت مشارکت در فرایند اجری آن است.

بدون تردید یکی از مهمترین اصول میانجی گری تأمین امنیت بزه دیدگان است. تحمل بزه، تجریه ناخوشایند و هولناکی است که بزه دیدگان را در معرض احساس تهدید و ناامنی مستمر قرار داده، زیانهای روحی و روانی جبران ناپذیری را برای آنها به دنبال می آورد و به همین دلیل میانجی گران باید به صورت چهره به چهره یا تلفنی با بزه دیده ارتباط داشته باشند و از هر وسیله ای برای جلوگیری از بزه دیدگی مجدد و مضاعف وی استفاده کنند. حتی به عقیده برخی از محققان میانجی گری در هر مرحله از اجرای برنامه میانجی گری باید از خود بپرسند که آیا این اقدام منجر به تهدید و تخریب روحی بیشتر بزه دیده نشده است؟ در صورتی که بزه دیده احساس ناامنی و تهدید کند، میانجی گران موظف به تأمین امنیت وی از هر طریق ممکن می باشند. حتی محل برگزاری جلسات میانجی گری نیز باید به ترتیبی باشد که بزه دیدگان احساس ناامنی بیشتر نکنند. گفتنی است که اصولاً بزه دیدگان تمایل دارند آنچه در جلسات میانجی گری بیان می شود به عنوان اسناد معتبر تلقی شده، قابل استناد باشد. در این صورت میانجی گری باید نسبت به یادداشت اطلاعات مبادله شده در جلسات اقدام نمایند.

رعایت حق انتخاب بزه دیده یکی دیگر از اصول میانجی گری است. در نتیجه وقوع جرم، احساس آسیب پذیری، عدم توانایی و فقدان قدرت بزه دیدگان را فرا می گیرد. به همین دلیل در ابتدای تحمل بزه و تا مدتی چند، بزه دیدگان کنترل و مهار زندگی و امور خویش را از دست می دهند و قادر به مدیریت امور خویش به روال سابق نیستند «تجدید قوا» یا بازتوانی بزه دیدگان به این معناست که آنها بار دیگر بتوانند اوضاع را به حالت سابق برگردانند و با اعتماد به نفس نقش خود را در جامعه و خانواده بازیابند. وظیفه مجریان برنامه میانجی گری راائه اطلاعات و حمایت های لازم به بزه دیده و کمک به وی در اتخاذ تصمیمات مفید و مناسب است.

یکی دیگر از نکات مهم در اجرای برنامه های میانجی گری استفاده از زبان و ادبیات متناسب با اهداف و اصول عدالت ترمیمی است. میانجی گران باید در استفاده از زبان و ادبیات دقت کافی به عمل آورند. برخی عبارات و کلمات ممکن است موجب ایجاد سوءظن و یا انتظار و امید بیهوده شوند. برای مثال با توجه به نقش بی طرفی میانجی گر، وی نمی تواند خطاب به بزه دیده یا بزهکار بگوید «شما باید …».

در چنین وضعیتی، ممکن است بزه دیده نوعی فشار و الزام ناموجه را احساس کند و بی طرفی میانجی مورد تردید قرار گیرد. وظیفه میانجی آن است که اطلاعات لازم در اختیار طرفیت قرار داده، آنها را به اتخاذ تصمیم سازند، تشویق کند. میانجی گری همچنین باید از استعمال الفاظی همانند «بخشش» یا «آشتی و توافق» خوددری نمایند و بزه دیده را در وضعیت اخلاقی و روحی خاصی که مجبور به اتخاذ تصمیم مساعد به حال بزهکار شود قرار ندهند. همچنین میانجی گری نباید با عباراتی همانند «همه کارها درست خواهد شد»، «شما کاملاً به حقتان می رسید» و غیره انتظار فوق العاده ای را در بزه دیده ایجاد کنند.