از مهم­ترین مسائلی که در جریان پرونده ی کیفری و طبعاً در آیین دادرسی کیفری مطرح می گردد، بازداشت موقت متهم است.

   ” بازداشت موقت عبارت است از: نگاهداشتن متهم به طور موقت به حکم قانون یا به تشخیص قاضی، به منظور دسترسی و حضور متهم در مراجع قضایی و یا جلوگیری از فرار یا پنهان شدن یا تبانی با دیگری است و این توقیف ممکن است تا مدت معین و یا رفع موجب و یا انجام دادن تحقیقات مقدماتی و یا صدور احکام بدوی ادامه داشته باشد.” (آریان پور، 81، 7)

    ازآنجا که قرار بازداشت موقت با اصل برائت متهم مغایر است و نتایج زیانبار آن غیر قابل جبران می­باشد، قانونگذاران درباره مشروعیت به کارگیری آن تردید داشته و سعی کرده اند، آن را از اختیار قاضی خارج کنند و تحت قاعده و قانون درآورند تا دادرسان نتوانند به اراده و دلخواه خود افراد را بازداشت کنند، این در حالی است که قانونگذار ما نه تنها نتوانسته است در جهت تحدید موارد بازداشت موقت گام بردارد و با افزایش موارد قرار بازداشت موقت باعث پایمال شدن هرچه بیشتر حقوق متهم گردد، به علاوه نوعی تعارض بین مواد مربوطه به وجود آورده است.

    علاوه بر این به استناد بند (د) ماده 32 قانون آیین دادرسی کیفری دادرس همیشه می­تواند متهم را به بهانه  بیم فرار یا تبانی و یا امحای آثار و علایم جرم بازداشت کند، یعنی حتی در بزه­های کوچک نیز بازداشت متهم مجوز قانونی پیدا می­کند. از سوی دیگر اگرچه قانونگذار در ماده 35 قانون مزبور، تصریح بر بازداشت موقت الزامی نموده است، ولی با توجه به مقید نمودن آن به رعایت مفاد بند (د) ماده 32، می­توان چنین استنباط کرد که بازداشت موقت اجباری در سیستم قضایی ایران حذف شده است. همچنین برابر بند (د) ماده 35 قانون آیین دادرسی کیفری در مواردی که آزادی متهم موجب فساد باشد، صدور قرار بازداشت موقت اجباری است و تشخیص فساد نیز لاجرم با قاضی دادگاه است، زیرا معیار قانونی برای این تشخیص وجود ندارد. در مجموع قانونگذار ایران با نادیده گرفتن حقوق متهم اقدام به تصویب مواد 32 و35 قانون آیین دادرسی کیفری نموده است.

    خوشبختانه، تدوین کنندگان لایحه آیین دادرسی کیفری با توجه به حقوق متهم اقدام به تدوین این لایحه کرده­اند و علاوه بر حذف موارد بازداشت موقت الزامی، موارد و شرایط بازداشت موقت اختیاری را نیز حصری کرده اند که البته موارد اختیاری صدور قرار بازداشت موقت شامل جرایم فراوانی می باشد و نتیجه آن توسعه موارد بازداشت موقت است. اما در مجموع مقنن با استثنایی تلقی نمودن بازداشت موقت و ایجاد جایگزین­های نوین بازداشت موقت و نظارت قضایی، گام مهمی را در راستای حفظ حقوق متهمین برداشته است.

    نکته باقی مانده اینکه، در اسلام حبس جز در موارد استثنایی وسیله اجرای حکم نبوده و تنها برای انتظار محاکمه متهمین و تعزیرات به کار برده شده است. درباره بازداشت موقت در اسلام، موارد فراوانی دیده می­شود که این بازداشت به رسمیت شناخته شده است و آیات و احادیث و اقوال علما در این زمینه نمایان­گر این مطلب است. از جمله آیه 106 سوره مبارکه مائده که می فرماید: «ای کسانی که ایمان آورده­اید، هنگامی که مرگ یکی از شما فرا رسد، در موقع وصیت باید دو نفر عادل را از شما به شهادت بطلبند و یا اگر مسافرت کردید و مرگ شما فرا رسید (و در راه مسلمانی نیافتید) دو نفر از غیر شما و اگر به هنگام ادای شهادت در صدق آنها شک کردید، آنها را بعد از نماز نگاه دارید تا سوگند یاد کنند که ما حاضر نیستیم حق را به چیزی بفروشیم؛ اگرچه در مورد خویشاوندان ما باشد و شهادت الهی را کتمان نمی کنیم که از گناهکاران خواهیم بود»، صراحت تمام، در بازداشت موقت دارد و این آیه قبل از هر دلیل دیگری، بازداشت موقت را رنگ شرعی داده است. (الهی منش، 91، 29)